De coördinatiedienst bestaat uit een groep experten die de voorzieningen ondersteunen, in hun vakgebied de vinger aan de pols houden, interne samenwerking stimuleren en opdrachten uitvoeren op vraag van het bestuursorgaan.
Het bestuursorgaan heeft de bevoegdheid om op te treden namens de vereniging. Ze kan alle daden van bestuur verrichten die binnen het maatschappelijk doel van de vereniging vallen. Enkele bevoegdheden zijn door de wet of de statuten toegewezen aan de algemene vergadering van de vzw Emmaüs.
